Basicamente, seu problema é que você está usando um artigo errado :) Se fosse em um site SE eu iria para baixo-votá-lo.
Copiando manualmente coisas que não vêm de repositórios do Ubuntu para /usr está errado. Este diretório é gerenciado pelo Gerenciador de pacotes do Ubuntu e mexer com ele causará problemas em algum momento ou outro - por exemplo, a próxima vez que você atualizar seu sistema Sublime provavelmente será removido sem deixar vestígios.
Executar o programa como root é ainda mais errado, especialmente no caso do SublimeText, que tem seu próprio gerenciador de pacotes, que basicamente baixa coisas da Internet e permite que ele seja executado em seu computador. Um simples erro de digitação em um plugin pode destruir todos os dados em sua máquina.
Uma solução adequada, se você deseja instalar o programa em todo o sistema, seria encontrar/construir um .deb arquivo e instalá - lo-desta forma Gerenciador de pacotes estaria ciente do pacote. Webupd8 mantém um PPA para SublimeText2, então você pode apenas usar isso.
No entanto, há uma solução muito mais preguiçosa que estou usando pessoalmente - basta descompactar SublimeText em algum lugar do seu diretório inicial, criar um bin diretório em seu diretório inicial e link simbólico sublime_text executável nesse diretório:
mkdir ~/binln -s ~/wherever/sublime/is/sublime_text ~/bin
Depois disso, você poderá executar o Sublime Text digitando sublime_text no console, de qualquer diretório. Isso não requer privilégios de root e o editor funciona muito bem.
O artigo também faz alguma integração de shell, como registrar sublime_text como um editor padrão e adicionar um ícone, e eu estava com preguiça de fazer isso - no entanto, tenho certeza de que isso pode ser feito sem mexer com configurações de todo o sistema.
Isso não explica, no entanto, os problemas com as permissões que você está tendo - SublimeText armazena todas as suas configurações em sua pasta pessoal de qualquer maneira, por isso, mesmo se você instalou-lo em todo o sistema, não deve ter problemas. O que provavelmente aconteceu é que você começou pela primeira vez com privilégios de superusuário( ou seja, do shell sudo), então o diretório de configuração do editor (em ~/.config/sublime-text-2) é propriedade de root agora. Você precisa fazer algo como
sudo chown -R yourusername:yourusername /home/yourusername/.config/sublime-text-2
para corrigir isso.